在橘子群岛的边缘，亚西亚岛上，智三人由于海上风云莫测，被迫停留于此，恰逢岛上的盛大庆典。
巫女芙卢丝向智提出一个请求：前往三座岛的神庙，取回神秘的“宝物”，为庆典添彩。智欣然答应，并准备启程。
“那么，我们即将出发，不再久留。”智站立在夜色中，向同伴们询问：“霞、建，你们愿意一同前往吗？”
“哼，我才不奉陪。”霞语气中透露出不满：“我可不是你的随从或是恋人。别指望我为你效劳！”
话毕，皮卡丘突然叼起智的帽子，疾速冲向未知的旅程。
“皮卡丘这是什么意思？”智疑惑地追随着皮卡丘的脚步。
此时，游艇的主人美追了上来，提议带领他们前往其他岛。“我来指引你们。”
于是，在夜幕的掩护下，智、皮卡丘和美一同启航，向着未知的岛屿进发。
途中，游艇在行进中发出一声沉闷的巨响。智皱眉思索：“这声响总给我一种不祥的预腑…”
他们刚刚从闹腾的鲤鱼王群中艰难逃脱，游艇只剩下底座的水上
与此同时，火箭队三傻顽强地骑着破烂不堪的潜水艇残骸逃离。他们朝着亚西亚岛的方向艰难前校
然而，命运似乎与他们开了个大玩笑。在夜幕的掩护下，尚未抵达亚西亚岛，他们便遭遇了急于出港的智一行人。
深夜时分，智连那三个家伙的面都没见上，游艇便直接撞飞了火箭队三傻。
夜深人静之际，智未能一睹那三个冤种的面庞，却听闻游艇撞击的巨响。瞬间，那三人如飞燕般被巨轮撞散。唯有皮卡丘立于游艇的船头，神情凝重，仿佛在缅怀逝去的同伴。智轻抚皮卡丘的脑壳，不禁纳闷究竟是何事如此严肃。
离开亚西亚岛后，色骤变，乌云压顶，随即倾盆大雨如注。海面波涛汹涌，卷起千堆雪。智凝望远方，眉头紧锁，心知雷之神恐怕难逃此劫。
航行的船从平稳到颠簸再到劈波斩浪，一路乘风破浪。突然，一阵巨浪迎面而来，泼湿智的面庞。他淡定地转过头，吐出一口海水，感慨道：“曾听闻有人言，寻觅宝藏易如反掌，如今看来，实非易事。”
亚西亚岛上，暴风雨的怒吼声不断，芙卢丝与姐姐忧心忡忡地凝视海面。“我曾口出狂言，如今方知，这暴风雨的考验何其艰难……”芙卢丝低声道。
“妹妹，你要船做什么？”优不解地问道。
“有人为了微不足道的公事，即将面临危险，而我曾有求于他。此去，乃我之责任。”芙卢丝神色坚定。
暴雨如注，芙卢丝毅然决然地奔向码头，霞与建紧随其后。
“你们为何也要来？”芙卢丝疑惑地询问。
“我要去，虽非他的亲妹妹，但我是他恋人！”霞的眼神坚定无比。
\"哦，我明白了，你是与他相伴而来此处的吧？\"芙卢丝轻笑。
\"我并未跟随他，只是他恰好在我去的方向罢了。\"霞的话语中透露着些许回避。
\"确实如此，我也是抱此想法。\"键也加入了对话，\"我还期待他能引我拜见大木博士呢。\"
三人驾驭着芙卢丝姐姐的快船，追逐着智的方向。未曾停歇，三个被海浪冲到岸边的倒霉蛋，也悄无声息地爬上了船。
隐蔽在船体甲板上，藏匿于遮雨布之下，武藏得意地笑道，\"有鬼头的地方就有我们火箭队的存在。\"
\"正是如此。\"次郎笑着附和。
\"无需淋雨，还有免费船只可乘，真是好运啊。\"喵喵乐在其中，躲在遮雨布里惬意地趴着。
在高高的云层之上，空中堡垒的主人平静地注视着屏幕，\"先前那三股力量恰好保持平衡。如今我已掌握其中一股，对于崩溃的部分，就让它隐匿于暗处吧。\"
\"报告，有迹象显示闪电鸟正在飞向火之
在亚西亚岛上，优与长老坐在电视机前，聚精会神地关注着滚动播出的新闻。
\"全球范围内突然爆发前所未有的灾，现已查明，这是深层海流出现异常所导致的。深层海流在星球深海中静静流淌，它对全球气候、气及大自然有着不可估量的影响。\"
真新镇亦处在灾难的中心地带，所幸居民稀少，大部分已集结于坚不可摧的庇护之地——大木研究所。
大木博士静坐于电脑前，全神贯注地浏览新闻。
“原来是深层海流发生了显着变化。”大木博士恍然大悟，点头表示理解。
电视新闻继续播报：“这一系列变化的源头，疑似位于橘子群岛附近。”
听到“橘子群岛”四个字，大木博士露出了惊讶的表情，呢喃道：“竟是智现身处之地。”
此时，大木博士的电话铃声响起，他顺手接通。
画面一闪，视频通话接通，内木博士的面容出现在屏幕上。他眉头紧锁，汇报：“我是橘子群岛的内木博士，簇宝可梦出现了异常情况。”背景中，刚正努力将一只宝可梦抱回室内。
视线转向海上，智仰望空，叹息道：“终于放晴了。”然而，大海依旧波涛汹涌。
船长美忧心忡忡地：“但海浪依旧汹涌不安。”
巨浪中，智和美紧紧抓住船只。当船只经过一片暗礁时，一个巨浪将船尾猛然抬起，瞬间撞碎了船舵。
美惊呼：“船失控了，即将冲向岸边！”
智紧紧抱住皮卡丘，一手抓住船栏，准备迎接即将到来的冲击。
轰隆隆——一阵震耳欲聋的声响后，智和美成功带着船只靠岸。他们翻身下船，四周是暗礁林立，一片漆黑。
“皮卡！”刚踏上陆地，皮卡丘便朝着某个方向疾驰而去。智紧随其后，此时唯有依靠皮卡丘的敏锐直觉。
“稍微等一下，现在的气情况颇为不乐观，需要心行事。”美提醒着他们。
“美船长，请您留在船上，我和皮卡丘去探险很快就会回来。”安抚了美后，智跟随着皮卡丘迅速踏上通往岸边的石他们犹如离弦的箭矢，快速向前冲去。
与此同时，霞三人乘坐芙卢丝驾驭的高速快船在海风中破浪前校船只犹如破滥鱼儿，在海浪间灵活穿梭，不断变换位置。
尽管周围风起云涌，芙卢丝驾驶的快船却如稳坐泰山，其操作技术之娴熟，就如同品尝了世间绝妙的巧克力一般丝滑流畅。
“你的驾驶技术真是让人钦佩。”霞赞叹道。
“这是因为对于我们亚西亚岛的居民来，船只就如同我们的摇篮一样亲牵”芙卢丝解释道。
“我身在水系宝可梦道馆，海滥声音就是我的摇篮曲。”霞也不甘示弱地分享道。
就在这样的对话间，三人顺着海浪来到了与美船长相遇的地方，成功踏上了海滩。
美船长在船舱内给自己倒了一杯热可可，尚未品尝，船舱突然一阵晃动。她无奈地叹了口气，然后走出船舱来到甲板之上。她看见自己的船被另一艘船追赶并停在了后面……这时，建和霞向她走来打招呼：“哈哈哈……美船长，你安然无恙真是太好了。”
\"真心你们是不是来拯救我的呢？\"美目光所及，快船同样搁浅在岸边，她带着一丝无奈询问着：\"你们真的有能力帮忙吗？\"
霞三人相视无言，心中明白美的疑虑。他们并未立即回答，而是默默地观察着周围的环境，思索着最佳的救援方案。